Подскажите пожалуйста. Я гражданка Украины, собираюсь летом в Россию с частным визитом (ни работать, ни замуж выходить не собираюсь). Но поездка может превысить 90 дней (чуть больше 100). Что делать? Куда бежать и какие документы оформлять?

Ни куда не бежать. Более 90 дней находится не имеете права. Нужно снова пересекать границу.

Печально...
Насколько я понимаю в миграционке я тоже не могу более 90 дней указать сроки пребывания???

По-моему не можете. Можно при въезде все заполнить, кроме срока пребывания, и спросить у пограничников.
Насчет продления - когда приедете в РФ, попробуйте сходить в ФМС по месту пребывания, может что-то и можно сделать, но нет никакой гарантии, что что-то получится.
Так что будьте готовы к тому, что придется выехать и вернуться обратно. Но это не так страшно

Если и сможете, то вам это не поможет. Срок пребывания в 90 дней установлен законом, а не тем, что заявительно указал иностранец при въезде в миграционной карте.